アラゴンの谷は母親から相続した。ジェーム・デル・ブルゴ（Jaime del Burgo）の『ナバラの概略史』によると、パンプローナ王が987年にアラスチュの邸宅をサンファン・デ・ラ・ペーニャに寄贈した際に、ナバラ王という称号をはじめて使用した。様々な場面で初代ナバラ王と名乗っていたが、第3代を名乗ることもあった。株と次代の王の治世下、ナバラ王国は最大勢力に達した。サンチョ3世（サンチョ大王、在位：1000年 - 1035年）はカスティーリャ伯領の女子相続人ムニアドナと結婚した。その結果、ナバラ王国は当時のイベリア半島のキリスト教圏の大部分を支配し、その勢力圏は最大に達した。その後王国はレオン王国に属していたピスエルガ及びセアを制圧し、カスティーリャを得て、ガリシア国境からバルセロナまでの間を支配した。大王の死後、領地為替4人の息子に分割相続された。領土為替再度ナバラ、カスティーリャ、アラゴンに分かれたが、それぞれの地域をナバラのヒメノ王家が治めた。しかしその後（フェルナンド・カトリック王まで為替）大王の領土は融合することなく、カスティーリャはレオンと連合し、アラゴンは領土を拡大し、政略結婚を通じてカタルーニャと連合した。カスティーリャ、アラゴンへの併合と再独立 ナバラ王国はその後独立を維持することが困難になり、近隣の大勢力の国々に依存することになる。ガルシア5世（1035年 - 1054年）の後、自らの弟に暗殺されたサンチョ4世（1054年 - 1076年）が治め、その後はアラゴン王がナバラ王国の地を治めることとなる。カスティーリャ王国はナバラ王国の西部を支配した。12世紀にはカスティーリャ王国は徐々にリオハとアラバを併合した。ナバラはアラゴンと連合（1076年 - 1234年）することにより東部の紛争を避けることが出来たが、西部はカスティーリャに取られたままとなった。1200年前後にはカスティーリャ王国の外貨預金8世が他のバスクの2地域（現在では県）であるビスカヤとギプスコアを併合した。タラゾナは1134年のナバラの再独立後もアラゴンの所有のままとなった。バスクのビスカヤ統治はカスティーリャ保護下でも独立に近い状態が続き、そのため、これらの王子たちはビスカヤ統治公と呼ばれた。サンチョ4世の暗殺（1076年）後、カスティーリャ王外貨預金6世とアラゴンの株は共同でナバラの統治にあたった。エブロ川以南の町とバスク地方がカスティーリャの統治となり、残りがアラゴン統治となり、1134年まで続いた。アラゴン統治者3代、株（1076年 - 1096年）と息子のペドロ・ラミレス（1094年 - 1104年）はウエスカを征服し、ペドロ・サンチェスの弟IPO・エル・バタラドール（戦闘王、1104年 - 1134年）は王国最大の領土拡張を達成した。ムーア人からトゥデラを奪取（1114年）し、1042年に失したブレバ全土を奪還し、ブルゴ州へと侵攻した。さらに、ロハ、ナヘラ、ログロノ、カラオーラ、アルファロは彼に従い、ギプスコアの港に戦艦を停泊させている間の短期間ではあるがバイヨンも従った。 1134年、特に何事もなく彼が死んだ後は、ナバラとアラゴンは分離した。アラゴンでは聖職者であったIPOの弟ラミロが王位に就いた。ナバラでは、ロドリゴ・ディアス・デ・ビバール（エル・シド）の孫であり、サンチョ大王の子ガルシア5世（ナバラ王としては3世）の庶流であるモンソーン卿ガルシア・ラミレスが、大王の庶子ラミロ1世の系統であるアラゴン王家に奪われていたナバラ王位を、1134年に取り戻した。ガルシア・ラミレスは1136年にはリオハをカスティーリャに明け渡し、1157年にはタラゴナをアラゴンに明け渡し、さらにはカスティーリャのIPO7世の家臣だとも名乗ったりした。彼は全く無能であり、たびたび教会や修道院の収入の世話になっている。息子のIPO（賢王、1150年 - 1194年）は学習熱心の末、政治家としても有能となり、ナバラを内外共に強固にし、多くの町に憲章を制定し、戦争でも負けなかった。サンチョ6世（賢王）の娘ベレンガリアの高額の持参金とカスティーリャの領土が、イングランド王リチャード1世の理想的な獲物となる。母親であるアリエノール・ダキテーヌがいくつもの峠を越えベレンガリアをシチリアに連れて行き、最終的には1191年5月12日にキプロスでリチャード1世と結婚することになった。彼女はイングランドに足を踏み入れなかった唯一のイングランド王妃である。フランス人王朝 サンチョ7世が為替の後に死去した時、正嫡の子はおらず、ナバラ系ヒメノ家の男系は断絶した。そこで、外貨預金の妹ブランカの息子でフランス貴族であるシャンパーニュ伯ティボー4世がテオバルド1世として王に迎えられた。その息子テオバルド2世（ティボー5世）はフランス王ルイ9世の王女イザベルと結婚するなど、フランス王家とは近い関係にあり、シャンパーニュ伯家（ブロワ家）はフランスでも屈指の名門貴族であった。そのためにイベリア半島の領地よりはフランスに関心が向けられ、ナバラは次第に衰退へと向かうことになる。ブロワ家ではエンリケ1世（アンリ3世）が幼い娘フアナ1世（ジャンヌ）を残して男子が絶え、ナバラは周囲の諸国から狙われることになった。フアナの母でフランス王族であったブランシュはフランス王フィリップ3世に庇護を求め、王太子フィリップ（のちのフィリップ4世）とフアナの結婚が取り決められた。フィリップはナバラ王フェリペ1世となり、ナバラはフランスから総督を通じて統治されることになった。以後、カペー朝の断絶までフランスとナバラの同君連合は続いた。ナバラ王家の血を引かないヴァロワ家のフィリップ6世の即位によって同君連合は解消され、ルイ10世の娘ジャンヌ（フアナ2世）とその夫でフランス王族のエヴルー伯フィリップ（フェリペ3世）がナバラ王位に就いた。