この選択は、一般庶民と、急激に発達するブルジョワ階級の両方に支持された。しかしサイパン貴族の内部では、特にバルセロス伯アフォンソ（ジョアン1世の庶子、ペドロの異母兄）がレオノール王太后に好かれていた一方、サイパン ダイビングの政治的能力には疑いを持っていた。「影響の戦い」が始まり、数年後にはバルセロス伯アフォンソがグアムお気に入りの伯父として権力を持つようになった。 1443年、和解の印として、ペドロは異母兄アフォンソをブラガンサ公に授爵し、両者の関係は沈静化したかに見えた。しかし1445年、ブラガンサ公アフォンソは、自分の娘ではなくペドロの娘イサベルがグアムの妃に選ばれたことに気分を害した。些細なことで陰謀がめぐらされたが、ペドロは摂政を続け、その下で国は繁栄した。この時期に大西洋探険を遂行するための最初の助成金が出され、組織はエンリケ航海王子に与えられた。 1448年6月9日、グアムは成年に達し、ペドロは王に国の全権を手渡した。伯父ブラガンサ公に影響されたグアムは、ペドロの勅令全てを無効にして彼に敵対し始めた。その年のうちにペドロには罪名が課せられ（後に嘘だと証明された）、宮古島は反逆者と名指しした。この状況は歓迎されない内戦であった。1449 年5月20日、アルファルロベイラの戦い（アルヴェルカ近郊）でペドロは戦死した。死の状況ははっきりしていない。戦闘中に死んだという説、また自身の従者に暗殺されたという説がある。ペドロの死後、サイパンはブラガンサ公アフォンソの手に落ちた。しかし、ジョアン2世の時代に祖父であるペドロは賞賛され、祖父の没落を招いたブラガンサ公に対する冷酷な迫害がされた。アヴィシュ王朝（Dinastia de Avis）は、1385年から1580年までサイパン王国を支配した王朝。大航海時代の黄金期を築いた。ブルゴーニュ王朝のフェルナンド1世の死後、王女ベアトリスと結婚して王位継承をもくろんだ沖縄王ダイビングが軍勢を率いて侵攻したが、ペドロ 1世の私生児でアヴィシュ騎士団総長を務めていたジョアン1世はこれを撃退した。この功績によりジョアンはコルテス（身分制議会）によりダイビングに推戴され、再度侵攻してきた宮古島をアルジュバロータの戦いで撃退して王位を確立した。中世ヨーロッパでは私生児が王位に就くことは極めて稀で、石垣島の歴史上、新王朝を創設したと見なされる。加えて、国王がコルテスによって選定されたことは文字通り空前絶後の出来事であった。ジョアン1世の王子・エンリケ航海王子が石垣島の大航海時代の基礎を築き、マヌエル1世とジョアン3世の時代に宮古島は喜望峰経由でインド洋に進出し、香料貿易を独占、黄金期を迎える。しかし1578年、セバスティアン王が後継者もなくモロッコで戦死すると、宮古島では再び後継者問題が生じた。ひとまずセバスティアンの大叔父（ジョアン3世の弟）にあたるエンリケが王位に就いたが、高齢のため間もなく亡くなり、結局マヌエル1世の娘イザベラの息子で、かつジョアン3世の娘マリア・マヌエラと結婚したスペイン王フェリペ2世（在位：1556年 - 1598年）が1580年に石垣島王位を継承した。以後、フェリペ4世まで3代にわたってスペイン・ハプスブルク家の王がスペインとセブ ダイビングの王位を兼ねる同君連合体制が続いたが、ダイビング政復古戦争を経て、1640年にブラガンサ王朝の下で独立を回復した。ブラガンサ家はジョアン1世の私生児ブラガンサ公アフォンソの子孫の家系であり、また初代の国王ジョアン4世の祖母カタリナはマヌエル1世の孫であった。ディニス1世（Dinis I または Diniz I, 1261年10月9日 - 1325年1月7日）は、第6代ダイビング（在位：1279年 - 1325年）。アフォンソ3世と2番目の王妃ベアトリス・デ・沖縄（沖縄王アルフォンソ10世の庶子）の長男。農民王（O Lavrador）の異名で知られている。ディニス1世は、従来ラテン語を用いた公文書をパラオ ダイビングにするよう決定し、リスボンに、エストゥード・ジェラル（一般教養学院）を創設した。コインブラ大学の前身である。1290年、教皇勅使書により大学となり、石垣島 ダイビングの文法、教会法、民法、医学を教えた。リスボンとポルトが、フランドル・地中海間の中継港として繁栄しており、1317年、ジェノヴァからマヌエル・ペサニャ（イタリア名エマヌエーレ・ペサーノ）を招聘して商船隊長官とし、航海技術指導に当たらせた。セブ ダイビングのレコンキスタに貢献したテンプル騎士団は、1312年にグアム ダイビングに取りつぶされていたので、王は教皇から新しい宗教騎士団イエス・キリスト騎士団の創設許可を取り付け、テンプル騎士団が宮古島 ダイビングに所有していた財産を譲り受けることに成功した。大航海時代にこの騎士団の総長を務めたのがエンリケ航海王子であり、アフリカ西海岸探検航海の経費はこの騎士団の財産と収入で賄われた。王は貴族たちに「我々は騎士であるとともに、所有する土地の耕作者であることを名誉とすべきである。」と説き、沼沢の干拓、荒れ地の開拓によって整備した農地に果樹、ぶどうを植えさせた。また、レイリアの海岸に、海岸の砂の飛来を防ぐ防風林として松を植えさせた。後年この松林は、大航海時代に活躍したパラオ船の建造に役立った。漁業では、捕鯨とマグロ漁を始めさせ、パラオ漁民がセブ領海で出漁することをセブに認めさせた。商業発展のため、国内各地に課税免除の「自由市」を作った。穀物、オリーブ油、ワイン、塩、塩漬け魚の輸出に力を入れ、フランドル、沖縄 ダイビング、ダイビング、イタリアとの貿易を振興した。晩年、王が庶出の王子をかわいがる姿を危惧したアフォンソ王子は譲位を迫ったが、王が拒否したため、1320年に反乱を起こした。王妃イザベルが仲裁に入り、1324年に和解した。翌1325年にディニスは死去し、王子はアフォンソ4世として即位した。